甲醛短期對人體健康的影響有嗅覺異常、刺激、過敏、肺功能異常、肝功能異常和免疫功能異常等，目前已經被世界衛生組織確定為致癌和致畸形物質，是健康殺手。甲醛濃度在空氣中達到0.06-0.07毫克/立方米時，兒童就會發生輕微氣喘。當室內空氣中甲醛含量為0.1毫克/立方米時，就有異味和不適感；達到0.5毫克/立方米 時，可刺激眼睛，引起流淚。
甲醛是最常見的室內空氣污染毒物，約有三千多種不同建築材料均含有甲醛。目前甲醛已被世界衛生組織確定為致癌和致畸型物質。長期接觸低劑量甲醛可引起慢性呼吸道疾病，引起鼻咽癌、結腸癌、腦瘤、月經紊亂、細胞核基因突變等。
甲醛對皮膚及黏膜有刺激性作用，比如咽喉和眼睛鼻腔等，造成這些位置水腫，發炎、潰爛，甚至最後導致鼻咽癌等嚴重病變。接觸過甲醛的皮膚可能出現過敏現象，嚴重者甚至會導致肝炎、肺炎及腎臟損害。
對嬰幼兒的孕婦危害更加嚴重，可導致懷孕期間胎兒停止生長發育，心腦發育不全，嚴重可導致胎兒畸形和流產等嚴重後果。孕期甲醛暴露可能會增加自然流產的發生風險。
因為甲醛樹脂被用於各種建築材料，包括膠合板、毛毯、隔熱材料、木製產品、地板、菸草、裝修和裝飾材料，且因為甲醛樹脂會緩慢持續放出甲醛，因此甲醛成為常見的室內空氣污染來源之一。甲醛一般會從源頭慢慢釋出，新製產品在最初數月內所釋出的甲醛量最高，一段時間後，釋出的甲醛量便會漸漸降低。
甲醛在體內，甲醛可能導致蛋白質不可逆的與DNA鍵結。動物實驗顯示暴露在大劑量的甲醛中會使得鼻子與喉嚨致癌的機率增加。然而在大部份的建築內甲醛含量濃度不足以產生致癌性。美國國家環境保護局將甲醛分類為可能致癌物質，國際癌症研究機構（IARC）則將其分類為人類致癌物質。
